1. 大統領選出に民意を反映するため、 比例代表制で選出される国民協議会議員議席を過半数とした。
2. 国民協議会定員を１０００から７００に削減した。
3. ７００議員のうち、国会議員が兼任するのは、従来と同じく５００。
4. 残りの２００議員は、地方議会などが選ぶ。
5. 国民協議会ならびに国会の、国軍に無条件で与えられる議席を ７５から３８に半減した。
6. 国会議員、国民協議会議員を兼任する残りの４６２議席を 比例代表制の総選挙で選出する。
7. 総選挙に参加できる政党は、従来
   1. 与党ゴルカル
   2. 開発統一党
   3. インドネシア民主党
   の政府公認三党に限られていたが、新法では、
   1. ９以上の州
   2. その下の県の半分以上
   に支部がある政党ならば、被選挙権が与えられる。

1999年4月、KPU（総選挙委員会）によって、 総選挙関連の政治日程が次の通り決定された。
（後、さまざまな変更が加えられた）

１９９９年１０月１日

国民協議会開会

１９９９年１０月４日

国民協議会議長に、国民信託党アミン・ライス党首選出

１９９９年１０月６日

国会議長に、ゴルカル党アクバル・タンジュン総裁選出

• １９９９年１０月２０日未明、 国民協議会は、投票の結果、 反対多数（３５５）によりハビビ大統領総括演説の承認を拒否。
  1. 大統領が、 東ティモール住民投票を国民協議会と十分議論しないまま決めたことで、 多くの死者をだす混乱を招いた。
  2. アチェ特別州などで、 独立をもとめる住民に対して、 国軍による人権弾圧がおこなわれた。
  3. バリ銀行から大統領周辺に多額の資金が流出したとされるスキャンダルなど 一連の疑惑に明確な説明ができなかった。
• ハビビ大統領、大統領選への出馬辞退。
  「総括演説を拒否されたことで、国民から信頼されていないことがわかった。 私は民主主義を尊重しており、大統領選に立候補するとおかしなことになる」
• ゴルカル党アクバル・タンジュン総裁を 代りの候補者に擁立する動きもあったが、 撤回された。

• １９９９年１０月２０日、 その後急遽立候補した月星党ユスリル党首が結局立候補をとりけしたため、 投票は、ワヒド氏対メガワティ氏の一騎打ちとなった。
• ワヒド氏３７３票、メガワティ氏３１３票で、 国民覚醒党を創設したアブドゥルラフマン・ワヒド氏が、 第４代大統領に選ばれた。
  
• スハルト時代からの支配層や知識人、イスラム教の指導者層が、 ハビビ氏の指導力の弱さに見切りをつけ、 キリスト教徒に寛容なメガワティ氏にも拒否反応をしめした 消去法の結果、とのみかたもある。
• メガワティ氏「国の統一を守るため、結果の尊重を全国民によびかける」
• メガワティ支持者のよるデモ、暴動が各地で発生したが、 翌２１日に、メガワティ氏が副大統領にえらばれ、事態は沈静化した。

国民協議会：

大統領選出や憲法改正の機能をもつ国権の最高機関。
定員７００人。

国会：

国民協議会の決定にそって、立法や予算審議にあたる。
国会議員は国民協議会議員を兼ねる。
定員５００人。

総選挙：

国会議員（定員５００）のうち、 国軍議席（新法では３８）を除く ４６２議席（新法）を選ぶ。
州単位（２７州）の比例代表制。
1999年6月7日に予定されている。
有権者は、１７才以上のインドネシア国民。 結婚している女性は１６才でも選挙権をもつ。

大統領選挙：

1999年10月20日に、 インドネシア共和国国権の最高機関である国民協議会において行なわれた。
アブドゥルラフマン・ワヒド第４代大統領が選出され、 翌日、闘争民主党のメガワティ女史が副大統領に選出された。